Contents
Introduction
- 최적의 솔루션을 이용하여 고객의 요구사항에 부응하는 신뢰할 수 있는 서열분석
- 생물정보 상용화 패키지와 생물정보 기술을 활용한 신속, 정확하고 세계 표준화된 분석결과의 제공
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Genome Annotation Solutions Pedant-Pro GAVI, FGENESH FGENESH+, IEGAS(Insilico Eukaryotic Genome Annotation System), IPGAS(Insilico Prokaryotic Genome Annotation System) Description genome annotation은 크게 두단계로 나눠져 진행된다. gene영역과 gene 영역이 아닌 지역으로 구분하여 exon/intron의 gene structure를 밝혀내는 structural annotation과 이렇게 밝혀진 gene의 기능을 밝혀 내는 functional annotation으로 진행된다. Computational gene prediction으로 Fgenesh, geneid, genscan, Augustus, Glimmer를 임의적으로 사용하고 있으며, mRNA, ESTs와 같은 evidence data를 alignment하여 보다 정확한 genome annotation이 이뤄지도록 하고 있다. 또한 Functional annotation은 uniprot, GO, MIPS FunCat, Interpro 와 같은 공인된 데이터 베이스를 활용하고 있다. |
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Comparative Genomics Solutions Pedant-Pro, CLC workbench, Hand-made System(회사 자체 분석) Description 서로 다른 종간의 유사성과 유연관계를 알아 본다. |
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Promoter Analysis Solutions TRANSFAC, Hand-made system Description 유전자의 발현양을 조절하고 세포내의 항상성 유지를 위해 여러 유전자들간의 긴밀한 network을 통해 이뤄지는 gene regulation을 분석한다. 각 유전자의 promoter region을 prediction 하고, binding 가능한 transcription factor를 search하여 gene network상에서의 biological meaning을 찾는다. |
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Ortholog & Paralog Analysis Solutions Pedant-Pro, Hand-made System Description 서로 다른 종간의 공통된 기능을 수행하는 유전자 구룹을 COG algorithsm을 이용하여 분석한다. 단백질 서열의 homology를 바탕으로 BLAST를 이용하여 분석되어진다. |
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SNP Analysis Solutions Sequencher, CLC workbench, VectorNTI, Hand-made System Description Sequencher과 같은 상용화 프로그램을 이용하여 시퀀싱 데이터를 이용하여 변이 영역을 가진 SNP를 발굴하며, 생물정보전문가에 의한 SNP 분석 시스템 구축을 통해서 질병 유발 유전자 발굴 및 축산 동물의 종 판별을 위한 SNP를 발굴한다. |
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Alternative splicing Analysis Solutions Hand-made System Description Genome, mRNA, ESTs 서열을 이용하여 alternative splicing event를 각 case별로 분석한다. Full-length mRNA 서열을 기준으로 유전자 영역을 정하고 많은 ESTs를 alignment하여 각 exon, intron region을 정한다. 이때 중복적으로 나타나는 exon과 intron region내에서 alignment 형태를 분석하여 alternative splicing을 분석한다. |
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Biomarker discovery Solutions Hand-made System Description Microsatellites, 혹은 Simple Sequence Repeats (SSRs)은 nuclear나 orgenellar DNA의 polymorphic한 위치에 반복적인 서열로 존재한다. 이들은 특히 품종 개발시에 bio-marker로 이용 가치가 높다. 이를 위해 genome 서열내의 SSR region을 search하고 biomarker로 이용 가능한 candidate 서열을 annotation한다. |
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Probe & Primer Design Solutions Sequencher, CLC workbench, VectorNTI, Hand-made System Description Probe, primer design 시에 좀더 다양한 조건하에서 정확하게 design될수 있도록 한다. 또한 미생물의 종, 속을 동시에 감별할 수 있는 Species-specific, Genus-specific primer design이 가능하다. |
