Sequencher® Ver 5.0은 Genecodes사에서 제공하는 DNA 서열의 assembly를 위한 소프트웨어입니다. 편리한 인터페이스로 쉽고 빠른 분석이 가능하며 편리한 contig assembly, contig 편집, heterozygote & SNP 검색과 분석, cDNA 서열과 Genomic DNA 서열의 large gap alignment, 서열 비교, ORF 부위 예측, GenBank feature import, 제한효소사이트 분석 등 다양한 분석을 수행할 수 있습니다. 또한 NGS 데이터의 assembly를 위한 알고리즘을 플러그인으로 탑재하여 assembly 뷰어와 리포트를 제공합니다.
Main Features
* NGS 데이터의 assembly 및 SNP 분석 * Methylation 분석 * 낮은 quality 서열 및 vector 서열의 trimming * Shotgun 또는 EST assembly, reference assembly * cDNA 서열과 genomic DNA 서열의 large gap 분석 * ClustalW 알고리즘을 통한 alignment 수행 * SNP 검출 및 보고서 제공 * ORF 검색 * GenBank feature annotation * Contig 편집기능 |
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Sequencher®
Applications
Sequencher는 DNA 서열 및 NGS 데이터의 assembly 소프트웨어로서 아래와 같은 기능을 제공합니다.
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Sequencher는 DNA 서열을 매우 정확하게 편집할 수 있는 도구를 제공합니다. 사용자는 한 서열과 그것과 일치하는 크로마토그램 데이터를 한 화면에서 동시에 볼 수 있고, 편집 또한 쉽고 빠르게 할 수 있습니다. 그리고, 서열 배경색의 진하고 옅음에 따라서 해당 서열의 Quality를 바로 판단할 수도 있습니다. |
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Trim Ends : 자동염기서열분석기에서 생산된 서열들은 서열 말단에 ambiguous한 데이터나 low quality를 가진 데이터를 포함하게 됩니다. Sequencher는 이런 불필요한 서열들을 쉽고 빠르게 제거해 주는 도구를 제공합니다. Trim Vector : Vector contamination은 DNA libraries sequencing에서 피할 수 없는 결과입니다. 사용자가 shotgun sequencing libraries를 사용하던 EST libraries를 사용하던 sequencing primer는 Vector 내에 존재하게 되고, 결국 sequencing data는 insert 부위의 한쪽이나 양쪽에 vector sequence를 포함하게 됩니다. 그래서 Sequencher는 vector trimming tool을 제공하여 하나에서 수천개의 sequence를 trimming 할 수 있게 해줍니다. Trim Intron : Vector contamination이 sequencing libraries에서의 자연스러운 결과인 것처럼 intron contamination 역시 PCR로 증폭되어진 exons sequencing에서도 달갑지 않은 결과입니다. Intron 데이터는 연구하는데 필요하지 않기 때문에 제거되어지는 것이 바람직하다. 그래서 Sequencher는 Trim Vector 기능을 제공하여 vector sequence를 인지하고, 제거해 주는 기능을 제공합니다. 그리고 아래와 같은 강력한 assembly 도구들을 제공합니다. |
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Sequencher는 Assemble Automatically, Assemble Interactively, Assemble to Reference 등 다양한 assembly옵션을 제공합니다. 또한 Dirty Data, Clean Data, Large Gap Algorithm 등 다양한 assembly 알고리즘을 제공하고 있습니다. 그리고 아래와 같은 다양한 assembly 기능들을 제공합니다. * reference sequence와 gene variants의 비교 * 바이러스와 박테리아 genome의 assembly * cDNA libraries로부터 수천개의 서열들을 cluster * genome 서열과 cDNA 서열의 assembly |
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Sequencher는 사용자가 import한 데이터를 보여줄 때, 서열의 배경색을 달리 함으로써, 그 서열의 quality가 어느 정도인지에 대한 정보를 제공합니다. 또한 Confidence Ranges를 사용자가 직접 수정하여 자신에 데이터에 맞게 변경하여 볼 수도 있습니다. |
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Sequencher는 GenBank 파일을 import하여 화면상에서 볼 수 있고, feature부분을 사용자가 수정할 수도 있으며, 이 데이터를 reference sequence로 사용할 수도 있습니다. |
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Sequencher는 서열 중 ambiguous한 염기를 자동으로 찾아내어, Call Secondary Peak... 기능을 이용하여 IUPAC name으로 바꾸어 주어 SNP를 손쉽게 찾아줍니다. |
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Sequencher는 reference sequence와 contig를 비교하여, 서로 다른 염기를 찾아내어 한 눈에 보기 쉽게 하나의 테이블로 보여주는 기능을 가지고 있습니다. 또한 같은 reference sequence로 만들어진 여러 개의 contig를 비교하여 테이블로 보여줄 수도 있고, 하나의 contig를 만든 여러 개의 서열들을 각각 reference sequence와 비교한 테이블을 제공하여 줍니다. |
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Translated Variance Table은 Sequencher가 버전 업그레이드 되면서 새로 생긴 기능입니다. Variance Table이 reference sequence와 contig 사이에 서로 다른 염기를 테이블로 보여주는 것이었다면, Translated Variance Table은 reference sequence와 contig 사이에 서로 다른 아미노산 서열을 테이블로 제공하여 줍니다. |
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Sequencher는 사용자의 서열에 제한효소로 절단되는 부위를 표시할 수 있게 해줍니다. 수 많은 제한효소 중에 사용자가 주로 사용하는 제한효소를 설정하고, 그것을 저장하여 다음에 그 정보를 import하여 사용할 수 있습니다. 또한 사용자가 cloning 전략을 세우는데 도움을 줄 수 있는 vector와 Ploylinker 서열을 설정할 수 있습니다. |
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Sequencher는 사용자가 이미 가지고 있는 서열의 정보를 이용하여, Assemble by Name 기능을 이용하여 자동으로 assembly를 수행합니다. 이것은 assembly 수행 시 시간을 절약하고 에러를 줄여주는 효과가 있습니다. Assemble by Name 기능은 아래와 같은 장점이 있습니다. * Project 창에서 서열을 정렬 * 공통적인 서열 이름의 일부를 이용해서 assembly * 자동으로 contig 이름 생성 |
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Sequencher는 버전이 업그레이드되면서 report기능을 새로이 추가하였습니다. Report기능은 사용자의 데이터를 프린터할 수 있는 포맷으로 만들어 줍니다. Population Report : variance table에서 보여지는 데이터를 요약하여 보여주는 report입니다. Variance Detail Report : variance table에서 보여지는 데이터의 모든 내용을 제공하는 report입니다. |
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NGS data의 assembly를 위한 알고리즘을 플러그인으로 탑재하여 assembly 뷰어를 제공합니다. Maq이나 GSNAP alignment 알고리즘으로 분석하고 Maqview나 Tablet을 통해 결과를 확인할 수 있습니다. |
System Requirement
Macintosh
- 10.5 and higher
- 512 MB RAM 이상
- 175 MB 이상의 하드디스크 공간
Windows
- Windows XP or later
- 512 MB RAM 이상
- 150 MB 이상의 하드디스크 공간
Download
- 설치방법
- Static 라이센스
Mac : Mac installation guide
Mac 드라이버 설치파일 : 10.2 SuperPro drivers
Windows : Win installation guide
- Network 라이센스
- Static 라이센스
- 사용자 매뉴얼
Sequencher 4.10 : Sequencher_4_10.exe
License
- Sequencher를 구매하시고자 하는 분은 상단의 '견적의뢰'를 작성하시거나 저희 Codes사업부에 연락을 주시면 구매절차에 대해서 말씀드리겠습니다.
연락처 : 031)278-0061, codes@insilicogen.com
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