Flow of SNPDiscovery
Human Exon과 Intron의 분리
디렉토리 : GeneExonDir_060508
프로그램 : Seq_Summarize.pl
- 유전자에 대해서 Intron을 제외한 Exon 정보만을 추출함.
- 시퀀스 파일 디렉토리 생성 : Seq_Summarize_Dir
- Seq_Summarize_Dir 디렉토리에 있는 Human Exon 시퀀스 파일을 Pig EST에 Blast Mapping 수행.
- BLAST 서버 : 164.125.99.64
- Format DB : /usr/local/blast/db/Swine/EST/Pig_EST_060404.fasta
- Seq_Summarize_Dir 디렉로리 : /home/jhpark98/NLRI/Swine/Pig_Obesity_SNP/Seq_Summarize_Dir
- Seq_Summarize_Dir BLAST 디렉토리 : /home/jhpark98/NLRI/Swine/Pig_Obesity_SNP/Seq_Summarixe_Dir_Blast
- 161 개의 Exon 정보들이 추출됨.
SNP 예측
Primer 디자인
- 서버 : 203.241.60.3
- 경로 : /home/jhpark98/PrimerDesign/Pig_Obesity_SNP/primer_data_1
프로그램 : primer_design.pl
프라이머 데이터 파싱
- 윈도우 서버로 파일을 이동 후 파싱함.
프로그램 : primer_data_parsing_2.pl
- 유전자 정보와 이에 해당하는 시퀀스의 프라이머 결과를 파싱하고, 유전자 시퀀스를 추가함.
BLAST 디렉토리 파싱
- 프로그램 : Blast_Parsing.pl
위 디렉토리에 있는 Blast 결과 데이터를 파싱하고 Accession 정보를 추출하여 GenBank 파일을 다운로드 받은 후 Fasta 파일로 변환함.
- Blast 결과들을 파싱하여 Align 길이가 100 이상이며, Identity가 90 이상인 것과 Align 길이가 200 이상이며, Identity가 80 이상인 것으로 필터링 하여 파싱함.
- 위 161개의 Exon 정보들 중에서 77 개가 조건에 맞으며, 이 데이터를 이용하여 프라이머 디자인을 수행함.
분석절차의 요약
- Human Exon과 Intron의 분리
디렉토리명 : GeneExonDir_060508
- 펄 프로그램 : Seq_Summarize.pl
- 유전자에 대해서 Intron을 제외한 Exon 정보만을 추출함.
- 시퀀스 파일 디렉토리 생성 : Seq_Summarize_Dir
- Seq_Summarize_Dir 디렉토리에 있는 Human Exon 시퀀스 파일을 Pig EST에 Blast Mapping함
- BLAST 서버 : 164.125.99.64
- Format DB : /usr/local/blast/db/Swine/EST/Pig_EST_060404.fasta
- Seq_Summarize_Dir 디렉토리 경로 : /home/jhpark98/NLRI/Swine/Pig_Obesity_SNP/Seq_Summarize_Dir
- Seq_Summarize_Dir BLAST 디렉토리 경로 : /home/jhpark98/NLRI/Swine/Pig_Obesity_SNP/Seq_Summarize_Dir_Blast
- 161개의 엑손 정보들이 추출됨.
- Blast 디렉토리 파싱
- 프로그램 : Blast_Parsing.pl
위의 디렉토리에 있는 Blast 결과 데이터를 파싱하고 Accession을 추출하여 GenBank파일을 다운로드 받고 Fasta 파일로 변환함.
- Blast 결과들을 파싱하여 Align길이가 100 이상이며, Identity가 90 이상인 것과 Align 길이가 200 이상이며, Identity가 80이상인 것으로 필터링하여 파싱함.
- 위 161개의 엑손 정보들 중에서 77개가 조건에 맞으며, 이를 가지고 프라이머를 디자인 함.
- 프라이머 디자인
- 서버 : 203.241.60.3
- 경로 : /home/jhpark98/PrimerDesign/Pig_Obesity_SNP/primer_data_1
- 프로그램 : primer_design.pl
- 프라이머 파싱
- 윈도우 서버로 파일을 이동 후 파싱함.
- 프로그램 : primer_data_parsing_2.pl
- 유전자 정보와 이에 해당하는 시퀀스의 프라이머 결과를 파싱하고, 유전자 시퀀스를 추가함.
