CLC Genomics Workbench 2.0 (September 18, 2008)
General performance improvements
- 매우 큰 data set 분석을 위한 효율적이고 빠른 분석 능력 향상
High-throughput Sequencing Assembly
- Human genome을 포함한 어떤한 크기의 reference 서열에 대해서도 assemble이 가능
- Reference assembly 분석시 reference 서열의 muti_fasta format 지원
- 짧은 서열(55 nucleotides 미만) assemble을 위한 새롭고 매우 빠른 알고리즘
- Reference assemble의 놀랄만한 속도 향상
- 다양한 platforms (single and paired ends)으로 형성된 one go. sequencing data의 통합 reference assemble의 지원
- 다양한 형태의 서열이 섞여있는 data set에서 한번에 assemble
- Assembles을 먼저 만든후 contig로 연결하던 두단계 작업을 이제는 한번에 자동으로 진행
- Reference sequence에 annotation 추가 지원(cf. repeat regions, exon information)
- Assembly report에 contig 정보 강화 (contig를 형성하는 서열 수)
- De novo assembly에서만 가능하던 contig overview를 reference assemble까지 확장 지원
- Length of reference sequence
- Length of consensus sequence
- Number of reads
- Average coverage
- Total number of conflicts
Import and export
- Sanger sequencing data 지원 (trace 정보를 포함한 high-troughout sequencing data의 지원)
- SOLiD의 paired-end data 지원
- CLC NGS Cell에 의해 만들어지는 cas files import 지원
- Contigs의 ACE format export 지원
- ACE file importer 기능 향상
- Import 과정에 sff files의 trim information 이용 가능
- Illumina Genome Analyzer systems의 SCARF file import 지원
Various high-throughput sequencing improvements
- SNP detection 정보 강화
- consensus sequence 뿐아니라 reference sequence기준으로도 SNP 위치정보를 지원( annotation 항목에 추가 가능)
- 기존 annotation type reporting에 추가하여 covering정보 지원
- Paired-end data의 triming 지원
- consensus sequence의 gap 정보 지원
- Reference의 annotation정보를 consensus sequence로 transfer 가능( 대량 transfer 지원)
Plug-in updates
- GFF/GTF 지원: GFF/GTF format의 annotation 정보 이용 가능
Annotation handling
- Annotation table의 강화
- 매우 길고 큰 genome의 annotation 정보 지원
- filtering 과정에서의 feedback 기능 향상
- Renaming option 강화
Bug fixes
- contig editing에서의 bug 수정
- 다양한 bug 안정화
CLC Main Workbench 4.1 (September 18, 2008)
General performance improvements
Import and export
- contig 정보 export시 ACE format 지원
- CSV format에서 graph data points exports 지원
Various high-throughput sequencing improvements
- consensus sequence의 gap 정보 지원
- Reference의 annotation정보를 consensus sequence로 transfer 가능( 대량 transfer 지원)
Plug-in updates
- GFF/GTF 지원: GFF/GTF format의 annotation 정보 이용 가능
Bug fixes
- contig editing에서의 bug 수정
- 다양한 bug 안정화
FAQ
CLC_Genomics_Workbench/FAQ
- 전문 내용
- Besides memory improvements there is a large number of new functionalities in the Gx WB based on all the great input we get from you and our
- the highlights are: Reference assembly against reference sequences of any size
- New and much faster algorithm for assembling short reads Integrated reference assembly of mixed data sets Reference sequences can be masked based on annotations Partially matched reads are reported as a graph along contigs Contigs can be exported in ACE format Additional information included in SNP detection table Import of Illumina GA SCARF files Table overview when assembling against many reference sequences Annotation handling improved for large and heavily annotated genomes Import of a large number of Sanger sequencing reads
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RecentRelease/CLC (last edited 2008-10-17 17:24:46 by YounheeShin)
