New Release: CLC Genomics Workbench 2.0 and CLC Main Workbench 4.1
글로벌 시장에서 폭발적인 반응을 얻고 있는 CLC Bio사에서 CLC_Genomics_Workbench와 CLC_Main_Workbench의 최신 버전을 릴리즈 했습니다. CLC_Genomics_Workbench는 서버가 아닌 PC(노트북이나 데스크탑)에서 NGS 데이터를 믿을 수 없는 속도로 처리하여 중국의 베이징지놈연구소에서 NGS의 공식 솔루션1으로 도입하기로 했으며, 최초의 아랍인 유전체 분석에도 사용되고 있습니다2. CLC_Main_Workbench는 최신 생물정보 분석도구와 데이터베이를 제공하여 DNA, RNA 및 Protein 자료 효과적으로 관리하고 뛰어난 그래픽과 인터페이스를 제공하고 있습니다.
다음은 최신 버전의 CLC_Genomics_Workbench와 CLC_Main_Workbench에서 향상된 기능들입니다.
Updated Features
Contents
CLC Genomics Workbench 2.0 (September 18, 2008)
General performance improvements
- 매우 큰 data set 분석을 위한 효율적이고 빠른 분석 능력 향상
High-throughput Sequencing Assembly
- Human genome을 포함한 어떤한 크기의 reference 서열에 대해서도 assemble이 가능
- Reference assembly 분석시 reference 서열의 muti_fasta format 지원
- 짧은 서열(55 nucleotides 미만) assemble을 위한 새롭고 매우 빠른 알고리즘
- Reference assemble의 놀랄만한 속도 향상
- 다양한 platforms (single and paired ends)으로 형성된 one go. sequencing data의 통합 reference assemble의 지원
- 다양한 형태의 서열이 섞여있는 data set에서 한번에 assemble
- Assembles을 먼저 만든후 contig로 연결하던 두단계 작업을 이제는 한번에 자동으로 진행
- Reference sequence에 annotation 추가 지원(cf. repeat regions, exon information)
- Assembly report에 contig 정보 강화 (contig를 형성하는 서열 수)
- De novo assembly에서만 가능하던 contig overview를 reference assemble까지 확장 지원
- Length of reference sequence
- Length of consensus sequence
- Number of reads
- Average coverage
- Total number of conflicts
Import and export
- Sanger sequencing data 지원 (trace 정보를 포함한 high-troughout sequencing data의 지원)
- SOLiD의 paired-end data 지원
- CLC NGS Cell에 의해 만들어지는 cas files import 지원
- Contigs의 ACE format export 지원
- ACE file importer 기능 향상
- Import 과정에 sff files의 trim information 이용 가능
- Illumina Genome Analyzer systems의 SCARF file import 지원
Various high-throughput sequencing improvements
- SNP detection 정보 강화
- consensus sequence 뿐아니라 reference sequence기준으로도 SNP 위치정보를 지원( annotation 항목에 추가 가능)
- 기존 annotation type reporting에 추가하여 covering정보 지원
- Paired-end data의 triming 지원
- consensus sequence의 gap 정보 지원
- Reference의 annotation정보를 consensus sequence로 transfer 가능( 대량 transfer 지원)
Plug-in updates
- GFF/GTF 지원: GFF/GTF format의 annotation 정보 이용 가능
Annotation handling
- Annotation table의 강화
- 매우 길고 큰 genome의 annotation 정보 지원
- filtering 과정에서의 feedback 기능 향상
- Renaming option 강화
Bug fixes
- contig editing에서의 bug 수정
- 다양한 bug 안정화
CLC Main Workbench 4.1 (September 18, 2008)
General performance improvements
- 매우 큰 data set의 분석 능력 향상
Import and export
- contig 정보 export시 ACE format 지원
- CSV format에서 graph data points exports 지원
Various high-throughput sequencing improvements
- consensus sequence의 gap 정보 지원
- Reference의 annotation정보를 consensus sequence로 transfer 가능( 대량 transfer 지원)
Plug-in updates
- GFF/GTF 지원: GFF/GTF format의 annotation 정보 이용 가능
Bug fixes
- contig editing에서의 bug 수정
- 다양한 bug 안정화
FAQ
각주
