Overview

Pedant-ProTM Sequence Analysis Suite는 Biomax사의 genome annotation을 위한 솔루션으로 mammalian, plant, fungi, microbe 등 유전체의 구조 및 기능 분석을 자동화한 유전체 분석 시스템입니다. 일반 연구자도 쉽게 분석할 수 있도록 그래픽한 인터페이스를 제공하며, 분석 결과의 상세 검증을 통해 직접 업데이트 할 수 있습니다. 또한 분석 파이프라인을 연구자가 직접 선택할 수 있어 최적의 분석 조건에 의한 유전체의 분석을 수행할 수 있습니다.


Main Features

{i} Structural annotation

* Mammalian, plant, fungi, microbe에 적합한 유전자 예측 프로그램 적용
* 다양한 genetic elements 예측 (tRNA, rRNA, Origin site 등)
* Coiled-coil, low-complexity 영역 분석
* Secondary, 3D 구조 분석
* Subcellular location 분석


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{i} Functional annotation

* COGs, FunCat, Gene Ontology 등 다양한 유전자 카테고리 분류
* Interpro를 이용한 유전자 기능 분석
* MetaCat 기능을 이용한 대사회로 분석 및 브라우저 검색
* 유전체 내의 유전자 상동성을 분석한 protein cluster 구현
* Taxonomy 분석


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{i} Dynamic workflow architecture

* 450여 종의 유전체 분석 경험을 토대로 구축된 Biomax의 표준 워크플로우 이용 가능
* 유연한 분석 워크플로우 아키텍처를 이용한 연구자 환경에 최적화된 워크플로우 설정 가능
* 분석된 유전자 기능 결과의 mannual curation 기능 제공


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Used Tools

ALOM2, InterProScan, SAPS, BLIMPS, NCBI-BLAST, SEG, COILS, ORPHEUS, SignalP, DDS and DPS, PEDANT, TargetP, FGENESH++, pI, TMHMM, fmtseq, PREDATOR, tRNAscan-SE, GENSCAN, ProSearch, HMMER, PSORT

Used Database

Blocks, PDB, SCOP, COGs, Pfam, STRIDE, EMBL, PIR-PSD, SWISS-PROT, Functional categories, PROSITE, TrEMBL

System Requirement

Software Requirement

  • Operating System : SuSE® Linux® Enterprise Server 9
  • Java Virtual Machine : JVM version 5.0
  • Servlet engine : Tomcat™ 5.x
  • Apache Web server version 1.3.31
  • RDBMS : MySQL™ version 4.1.x

Hardware Requirement for Web Server

  • CPU : Intel Core 2 Duo E6600 (LGA775, 2.4GHz, 1067MHz FSB, 4MB L2) 1 EA
  • RAM : 8GB
  • HDD : 250GB

Hardware Requirement for Genome Annotation Server

  • CPU : Intel Core 2 Duo E6600 (LGA775, 2.4GHz, 1067MHz FSB, 4MB L2) 4 EA
  • RAM : 16GB
  • HDD : 250GB

Hardware Requirement for Database Server

  • CPU : CPU : Intel Core 2 Duo E6600 (LGA775, 2.4GHz, 1067MHz FSB, 4MB L2) 4 EA
  • RAM : 16 GB
    • HDD space
    • System softare: ~ 10GB

    • Reference DBs (e.g. GenBank, PDB, etc.) : 150GB

    • User space: 1.5 TB
    • DAT backup
    • IMPORTANT!: while updating the databases approximately 700 GB of disk space is required temporarily

관련 문의 : Codes사업부 (대표전화 : 031-278-0061, 이메일 : codes@insilicogen.com)

Pedant-pro (last edited 2012-04-04 14:27:07 by HyoyoungKim)










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