Overview

PROTEOME은 기능이 밝혀진 최대한의 단백질 정보를 활용하여 단백질 수준에서의 pathway 정보 뿐만 아니라 expression 정보, GO 정보, modification 정보 등 전문가의 큐레이션을 통한 총체적인 정보를 제공합니다.



Main Features

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{i} BKL PROTEOME quick search

유전자, 질병, pathway, drug, keyword를 통해 원하는 정보를 손쉽게 검색할 수 있습니다. 또한 organism을 제한하여 많은 데이터들 속에서 원하는 정보만을 한 번에 검색할 수 있습니다. {isg}

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{i} Biomarker association

질병과 관련한 단백질의 표지인자로 활용되는 정보를 서비스합니다. 각 질병과 관련된 단백질의 상세관계정보는 질병을 클릭하여 자세히 확인 할 수 있습니다. {isg}

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{i} Pathway & Interaction

관심있는 단백질이 포함된 pathway와 interaction정보를 모식도를 통해 서비스하고 있습니다. {isg}

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{i} Pathway 모식도

Graphical viewer를 통한 pathway의 주요 단백질 만들 대상으로 전체적인 정보를 보여주며, PathFinder를 통한 모든 관련 단백질의 관계를 포함한 질병 및 drug 정보를 자세히 살펴 볼 수 있습니다. PathFinder에서는 zoom-in/out을 통해 단백질간의 관계를 자세히 살펴 볼 수 있으며, 원하는 단백질, 질병, drug정보를 기준으로 직접적으로 영향을 주는 pathway에 하이라이트를 통해 보다 직관적으로 이해할 수 있습니다. {isg}

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{i} Regulation

단백질들 간의 조절 관계를 up-/down-regulation을 통해 정리하였습니다. {isg}

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{i} Annotation

단백질의 다양한 function 정보를 서비스합니다. Pathway를 비롯한 expression, domain, GO, mechanism, feature 정보를 문헌정보와 함께 서비스하고 있습니다. {isg}

Data Statistics

  • Mammalian Statistics

Human

Mouse

Rat

Proteins

19,144

19,925

11,769

Diseases/disease models

2,153

1,340

N/A

Drugs

4,334

N/A

N/A

References

170,963

86,670

50,973

GO assignments

199,035

197,286

105,641

Expression assignments

156,450

160,094

95,295

Gene-Disease assignments

43,319

5,862

N/A

Drug-Protein interactions

11,632

N/A

N/A

Phenotype assignments

N/A

63,041

N/A

Annotations

339,585

218,832

141,683

Pathway Statistics- All Species

Molecules

157,153

Genes

44,097

Reactions

226,519

Pathways

174

Chains

1,407

References

47,522

  • Yeast and Worm Statistics

S. cerevisiae

S. pombe

Fungal Pathogens

C. elegans

Proteins

6,685

4,997

19,932

20,742

References

33,048

4,454

4,439

5,861

GO assignments

71,148

27,407

99,868

80,755

Phenotype assignments

46,781

9,223

2,737

19,617

Annotations

727,777

95,701

72,752

313,560

Expression assignments

N/A

N/A

N/A

8,832

Drugs

N/A

N/A

N/A

N/A

Drug-protein interactions

N/A

N/A

N/A

N/A

  • Plant Statistics

Arabidopsis

Rice

Maize

Soybean

Sorghum

Proteins

26,902

26,842

1,706

66,300

34,005

GO assignments

194,518

97,640

10,397

255,302

138,432

Expression assignments

748,399

114,150

7,873

N/A

N/A

Phenotype assignments

N/A

2,491

726

N/A

N/A

Pathway Statistics - All species

Reactions

15,675

Pathways

324

References

12,561

Access options

  • Online

    • BIOBASE사의 웹 인터페이스로 접근하여 검색 및 데이터베이스 이용
    • Concurrent user, academic / non-profit lab and institution-wide level 버전

  • API Download

    • PROTEOME의 locus, disease, drug, pathway reports의 direct programmatic query
    • 검색한 정보들을 XML 포맷으로 추출가능

  • Relational Download

    • PROTEOME과 관계된 데이터베이스를 설치하고 웹 인터페이스를 함께 제공

    • BioKnowledge Transfer tool의 커맨드라인 버전 제공

    • Institution-wide level 에서만 이용 가능, MySQL과 Oracle 플랫폼 지원

관련 문의 : Codes사업부 (대표전화 : 031-278-0061, 이메일 : codes@insilicogen.com)

PROTEOME (last edited 2012-04-04 14:27:26 by KyoungpyoLee)










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