개요
JoinMap은 특정 종의 배수체 실험집단에서 유전연관지도(genetic linkage map)를 계산하는 소프트웨어이다. JoinMap은 이미 논문으로 발표된 map chart와 실험데이터에 대해 세밀한 연구를 할 수 있도록 양질의 분석도구를 제공하며, 윈도우 사용자들이 직관적으로 데이터를 검색할 수 있는 사용자인터페이스를 제공한다. 예를 들면 연구자들은 몇몇 진단테스트와 실제 map 계산 전후를 비교할 수 있다. 또 단순히 마우스 클릭으로 map 계산을 하여 잘못되어졌을 가능성이 있는 위치나 개체를 제거할 수 있다.
기능
- 기존의 MS-Window 사용자들이 직관적으로 사용할 수 있는 사용자 인터페이스
- Single input file 로 모든 분석이 가능
- 거의 모든 marker raw data format 지원
- 실험 집단 형태: BC1, F2, RIL, F1-derived and F2-derived DH, outbreeder full-sib family
- 연관집단(linkage groups) 결정
- 가족내 근친교배를 위한 linkage phase 자동 결정
- 몇몇 진단테스트 및 map 계산 전후의 비교:
- Test segregation distortion,
- Check similarity of loci,
- Check similarity of individuals
- Calculate genotype probabilities conditional on map and flanking genotypes to discover double recombinations
- Test heterogeneity of recombination estimates between different populations
Feature를 가지고 있는 map chart를 MS-Word와 MS-PowerPoint로 옮기는 기능
- MS-Excel 에 있는 데이터를 클립보드에 복사하여 추가
- 프린트 또는 결과를 export
- 위치, linkage groups 에 대한 제한이 없다(연구자 컴퓨터 성능에 의해 데이터 처리속도나 처리용량이 결정)
- PDF로 만들어진 사용자 manual 제공
InstallShield 를 이용하여 손쉽게 설치
새로운 기능
새로운 버전(4.0)에서는 많은 새로운 기능이 추가되었다. 특히 사용자인터페이스 부분에 많은 향상이 있었으며, 강력한 분석방법이 제공되고 있다.
데이터관리: 연구자가 가지고 있는 MS-Excel 형태의 마커데이터를 복사/붙이기 기능으로 JoinMap 프로그램에 입력할 수 있다.
- 새로운 집단 형태: 주어진 세대를 이용하여 역교배하거나 상호교배를 통한 새로운 집단 형태를 형성
- 연관집단(linkage group)형성 연구를 위한 기준: linkage LOD, independende test P-value, recombination frequency
- 새로운 개체 집단의 연관관계를 만들기 위해 기존에 있는 map이나 grouping을 이용할 수 있다.
- 집단에서 마커를 확인하기 위해 strongest cross link 정보를 이용할 수 있다.
- 새로운 mapping 알고리즘(Jansen, et al, 2001. TAG 102: 1113-1122 based on Monte Carlo Maximum Likelihood)을 이용하여 빠르게 고밀도의 map을 계산할 수 있다(이 알고리즘을 이용하여 연관그룹에서 100개의 마커를 확인하는데 2분 소요)
- 마커의 위치를 나타내는 적절한 지도를 그리는 기능
- 그래픽컬 지노타이핑
- Bar와 XY 차트
- 인쇄 미리보기
