차세대 염기서열 분석법(NGS: Next Generation Sequencing)은 분석 속도와 비용에 있어 생명과학 분야에 새로운 패러다임을 창조해 내고 있습니다. (주)인실리코젠 Codes팀은 NGS 데이터를 이용한 다양한 분석 전략을 제시함과 동시에 최적의 결과 도출을 위한 컨설팅을 제공합니다. |
IncoGenome은 유전체 내의 유전자 위치와 기능을 해독하는 Genome annotation 분석 서비스 입니다.
NGS 시대를 맞이하여 더욱 가속화된 유전체 프로젝트를 위한 IncoGenome은 최적의 생물정보 솔루션을 이용하여 고객의 요구사항에 신뢰할 수 있는 서열분석과 신속, 정확한 세계 표준화된 분석 결과를 제공합니다.
분석 방법
IncoGenome은 유전체 내의 유전자에 대한 구조적 정보를 분석하는 structural annotation, 유전자의 기능을 규명하는 functional annotation, 그리고 마지막으로 수학적 알고리즘으로 밝혀지지 않는 부분을 생물학 전문가가 면밀히 분석하는 manual curation 과정으로 크게 구분하여 분석됩니다.
분석 특징 및 내용
1. 반복서열 분석 * 반복서열 영역을 우선적으로 선별 및 마스킹 작업 * 반복 서열 데이터베이스와의 유사성 기반 검색 * 단순반복 서열 규명 * 종별로 특이적인 패턴을 가지는 반복서열 분석 2. 유전자 예측 * HMM 모델을 이용하여 서열상의 exon과 intron 예측 * 정확한 유전자 모델 설정 및 트레이닝 과정을 통한 종 특이적 유전자 구조 매트릭스 형성 * 유전자별로 유전체상의 위치와 방향 정보 제공 * 다양한 유전자 예측 프로그램을 동시에 사용하여 예측 모델 생성 3. 유전자 정렬(mRNA, ESTs, protein) * Evidence data(mRNA, ESTs, protein) 확보 후 유전체 서열과의 유사성 조사 및 위치 파악 * 다양한 파라미터 설정으로 정확한 Evidenced Gene Model(EGM) 제작 * 유전자 모델 정보 GFF3 파일 포맷 지원 4. 유전자 모델 결합 * Predicted Gene Model(PGM)와 Evidenced Gene Model(EGM) 결합 5. Alternative splicing 분석 * 조직 특이적 alternative transcripts 등 생물학적 의미에 초점을 둔 분석 진행 |
[Structural annotation 워크플로우] |
1. 상동성(homology) 기반의 annotation 분석 * 동일한 종의 단백질 서열을 바탕으로 1차 데이터베이스로 구축 * 유연 관계가 가까운 종을 대상으로 2차 데이터베이스 구축 * 단백질 기능 규명을 위한 서열 정보, 도메인 정보, PDB 정보 등을 이용 * 다양한 알고리즘과 데이터베이스, 분석 프로그램들의 네트워크 구축 * 데이터의 효율적인 관리 시스템 연계 2. 비교 유전체 분석 * Ortholog 분석 * 특정 ortholog 그룹의 다수의 종에 대한 프로파일링 분석 |
[Pedant-pro 유전자 기능 분석] |
1. 상동성 기반의 annotation 수정 * 수학적 알고리즘으로 발생하는 예외사항 수정 * 유전자 구조 정보 편집 및 필요한 주석 태그 삽입 2. 기능 분석 결과 수정 * 발현정보, 도메인 정보 등을 정보 등을 종합하여 단백질 기능 수정 |
[Manually curation] |
Structural Annotation
분석 결과
- 분석 보고서 제공
- 자세한 분석 결과 및 내용 방문 브리핑 서비스
- LabKM을 이용한 고객과의 결과 데이터 공유 및 커뮤니케이션
분석 의뢰
문의 : Codes팀 (대표전화 : 031-278-0061, 이메일 : codes@insilicogen.com)
