HarvESTer™ EST Analysis System
Overview
Biomax사의 EST 분석 프로그램 EST(Expressed Sequence Tag) clustering & assembly 관련 작업을 수행하여 EST의 문제점인 중복성을 피하고 consensus 서열의 quality를 높이며, 결과에 대해 통계적인 분석 보고서를 작성하여 사용자가 이해하기 쉬운 형태의 인터페이스로 결과를 제공한다. 특정 organism에 대한 EST외에도 full cDNA에 대한 작업도 수행할 수 있다. 또 Pedant-Pro와 연동을 통해 EST 서열의 기능 분석을 수행할 수 있다.
Function
- 다양한 입력 (abi, fasta, qual, cap3, phrap)
클러스터링시 HashedPositionTree (1996 Heumann)
- GT, SNP detector (향후, 당사에서 Real SNP인지 dbSNP에서 찾아보는 기능 add-on 계획)
대량의 EST clustering & assembly 수행
- 통계적인 분석 리포트 및 assembly viewer 제공
- 각 EST 서열에 대해 tracking 가능(EST report viewer)
- 분산환경에서 운영되도록 설계
- Java 기반의 편리한 그래픽 인터페이스 제공
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Module
- Uniquer
- Contamination Checker
- Vector Clipper
- Poly A Masker
- Repeat Masker
- Cluster
- Assembler
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System Requirement
- CPU: 2.0GHz 이상
- Memory: 1G 이상
- Storage: 10G 이상
OS: Linux(Suse, RedHat), Unix(Any)
- DBMS: MySQL or Oracle
Tag : clustering est solution
