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Overview
두개의 서열을 비교하여 비교결과를 가시화하여 보여줍니다. 여기서의 두개의 서열은 사용자서열 두개일 수도 있고, 사용자서열 하나와 당사에 저장되어 있는 인간 염색체 서열을 비교할 수 있습니다.
Comparison Algorithm
- 두개의 서열에 대해 기본 비교를 수행합니다. (NCBI bl2seq 이용)
- 유의한 매치 영역을 가시화하여 보여줍니다.
- 자세히 살펴보고 싶은 영역을 축소/확대/이동 할 수 있습니다.
- 두 서열이 모두 1Mbps 미만이 되면, Mummer 프로그램을 작동하여 dot plot을 작성 할 수 있습니다.
Test
파일 PTP1B_rna.fasta 를 사용하여 테스트 할 수 있습니다. 이 파일은 최근 발암메커니즘과의 관련성으로 인해 주목받고 있는 PTP1B 유전자의 mRNA 서열입니다. 20번 염색체의 20q13.1-q13.2 영역에 존재하는 것으로 알려져 있습니다.
다운로드 받으신 후, 서비스 페이지의 first sequence에 등록하고, 20번 염색체의 RefSeq ID인 NC_000020.9 서열을 second sequence 로 놓고 비교해 볼 수 있습니다. 이후, 축소/확대/이동을 통해 dot plot까지 확인해보세요.
Feedback
(사용해보신 후, 불편한 점이나 개선했으면 하는 사항들을 알려주시면 반영하도록 하겠습니다. 직접 적어주세요)
