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Overview
GeneSpring은 유전자발현 데이터에 적합한 강력한 가시화도구와 다양한 분석 기능을 제공한다. 일반적인 개인용 컴퓨터에서도 다양한 형태의 발현 데이터들을 표현하고 분석할 수 있다. 대학교, 생명공학 및 제약업계 등 광범위 분야에서 사용할 수 있게 개발되어 있으며 어떤 시료로부터 얻은 데이터라도 분석할 수 있는 유연성을 가진 프로그램이다. GeneSpring은 세계에서 가장 널리 사용되어지고 있는 발현분석프로그램으로 GeneSpring을 이용한 분석은 이미 전세계적으로 저명한 전문 학술지들에 수 백편이 인용되어 있다. GeneSpring은 Agilent사의 GeNet과 동일한 인터페이스를 공유하여 개개인의 연구성과를 모아 대규모의 유전체 연구를 추진할 수 있는 가장 적합한 플랫폼을 제공한다.
Function
Identify targets reliably and quickly
분산분석 (ANOVA)과 조합된 필터링 도구를 사용하여 약물처리나 실험조건에 의해 영향을 받는 유전자들을 확실하게 선별할 수 있다. 유전자 발현 배수를 나타내는 기준선이 scatter plot상에 표시되기 때문에, 추가적인 분석을 위해서 기준선 이상 또는 이하의 유전자들을 자동으로 선택 할 수 있다.
Display data in graphical context
GeneSpring은 중요한 결과를 개념화하고 논문 발표를 손쉽게 할 수 있도록 유전자 발현 데이터를 가시화하여 보여준다.
고객지향적 데이터 표현
2D/3D scatter plots, 2D dendrograms, Chromosome maps, Pathway Diagrams, Classification views 등 고객이 원하는 다양한 형태의 가시화 표현이 가능하다.
Pathways: placing gene expression in a biological context
각 biological pathway 상에 해당 유전자들의 발현 패턴을 삽입시켜, 특정 biological pathway에 관여하는 유전자들의 움직임을 한눈에 파악 할 수 있다.
Characterize novel expression patterns
GeneSpring은 유전자 발현 실험에서 의미 있는 발현 패턴들을 정교하게 표현해 주며, 이들 패턴들 간의 관계를 이해할 수 있게 해준다.
- Hierarchical clustering (Gene Tree/Experimental Tree)
- Self-organizing maps
- K-means clustering
- Principle component analysis (PCA)
PCA analysis
사용자는 다양한 실험 파라메터에 대해서 발현 데이터의 경향을 연결시켜 다양한 통계적 분석을 수행할 수 있다. 즉, 여러 가지 다양한 조건들을 동시에 비교 분석할 수 있다.
- Annotated sample information
- Selected expression profile
- Parameters from multiple experiments
Server-Side computation
대용량 data의 경우, local computer에서 처리하기가 힘들 경우, data분석 flow chart인 Script를 이용하여 Remote server를 이용하여,server-side analysis를 할 수 있다.
System requirement
Microsoft Windows
- Operating System: Windows 98/NT/2000/XP
- CPU: Pentium III or later
- RAM: 512 MB 이상
- Display: 1024 X 768 이상
- Disk space: 250 MB of free disk space
Macintosh
- Operating System: Mac OS 9.1 0r Mac OS X v10.2.1
- RAM: 512 MB 이상
- Display: 1024 X 768
- Disk space: 250 MB of free
GeneSpring family reinstall request 양식
AffidavitOfSoftwareRemoval.doc : reinstall request 양식
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Tag : microarray solution
