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Indroduction
GAVI는 유전체상의 특정 영역에 사용자가 직접 annotation을 수행할 수 있는 genome browser로서, Ajax기술을 이용하여, 웹 공간에서의 활용성을 높혔다. 각종 유전체 데이터를 다루다보면, 그래픽으로 표시하여, 특정 영역들의 상대적 위치들을 확인해볼 필요가 있다. GAVI는 축소/확대/이동을 하면서 원하는 영역을 직접 표시하거나, RepeatMasker, GenScan등의 분석결과를 읽어들이거나, GenBank 형식의 유전체 데이터를 그래픽으로 표시하는 일을 지원한다.
주요기능
- 웹상에서 축소/확대/이동을 직관적이고 쉽게 할 수 있다. (단축키지원)
- 유전체지도 이미지는 다른이름으로 저장이 가능하다. (브라우저 화면을 키우면, 큰 이미지를 얻을 수 있다.)
- 직접 유전체상의 특정 feature를 추가하고, feature별 region을 추가할 수 있다.
- 등록후 사용하면, 자신의 데이터를 저장할 수 있다.
- 아래와 같은 유전체 분석결과 데이터들을 읽어들일 수 있다.
- Repeatmasker out file (*.out)
- Genscan result file (with -cds option)
GenBank id(gi)를 입력하면, NCBI에서 해당 GenBank 레코드를 가져와서, 읽어들일 수 있다. (현재 1 Mbps 이상의 유전체서열을 등록하면, 많은 시간 소요됨)
- 유전체의 공개여부체크를 이용하여, 데이터를 자신만이 볼 수 있도록 한다.
스크린샷
주의사항
GenBank id 를 이용한 Genome 생성시, 서열길이가 1Mbps 미만인 경우에만 등록이 가능하다. 그 이상의 경우, 너무 많은 시간이 소요된다. biopython 파서의 문제인데, 향후 개선될 예정이다.
향후 기능 추가예정
- Improved genbank parser
- Circular map view
- Two genome comparison in one page
- Multi-scale navigation interface
- Other analysis result import : BLAST hits, sim4, blat, FgenesH, tRNAScanSE,
예제 데이터
Repeatmasker 결과파일 : SampleRepeatMasker.out
Genscan 결과파일 : SampleGenScan.out
GenBank id :
- 13273284 (Human mitochondrion complete genome)
- 29469655 (Pine chloroplast complete genome)
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라이센스
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미생물과 바이러스 등의 circular genome에 대한 고려를 부탁합니다. -- 강병철2006-06-23 11:18:44
차기 버젼에서 바로 이용 가능하도록 할 예정입니다. -- HyungyongKim 2006-07-11 16:40:00
두 가지 방향으로 GAVI를 발전시킬 수 있을 것 같습니다. 하나는 GAVI를 BoxShade와 같이 DocumentationTool로 유명하게 하는 것입니다. 둘 째는 Whole Gonome Viewer로 발전시키는 것입니다. 그리고 Public은 외부링크로 가져오며(항상 업데이트할것) private 정보를 추가해서 볼 수 있게 합는 겁니다. 둘 데이터는 분리되어 저장되는게 좋겠죠. pubilc 정보와 자체 정보를 동시에 비교하면서 자체 정보의 진척상황 또는 독창성을 쉽게 확인할 수 있으면서 그 결과를 ps, wmf, png, jpg로 export할 수 있으면 좋겠네요. -- 강병철 2006-07-11 13:08:28
두가지 방향 모두 좋습니다. 아직 Whole genome viewer로 발전시키기에는 용량에 따른 문제들이 있습니다. 예를 들어 HSA1(human chromosome 1)의 경우, 너무 크기때문에 한번에 보여주는데 애로사항이 있습니다. 기술적으로 해결할 수 있는 가능성을 찾아보고 있습니다. public 정보와 private정보를 분리하여 저장하는 것은 지금도 가능합니다. feature로 구분할 수 있어요. 결과는 export 하기 보다는, 그냥 마우스 오른쪽 클릭 후 다른이름 저장의 방법을 쓰면 됩니다. -- HyungyongKim 2006-07-11 16:40:00
강병철박사가 언급한 Whole Genome Viewer에 대한 개발에 대해서 조금 의견을 추가합니다. Microbial Genome에 대해서 가장 잘 정리한 데이터베이스 시스템으로는 TIGR과 IMG(Integrated Microbial Genomes)이 있습니다. 특히나 IMG 사이트에서는 현재 완료되어 있는 미생물 Genome에 대해서 상당히 체계적으로 구성하여 뷰어를 제공하고 있습니다. 이 사이트를 벤치마킹하여 서비스 시스템을 구성하는 것도 고려해 볼만 할 것입니다. -- 박준형 2006-07-11 14:08:00
IMG 좋네요. 미생물 genome에 대한 종합적인 DB 및 viewer를 만드는 것도 괜찮은 생각입니다. 계속해서 아이디어를 발전시켜 나가겠습니다. -- HyungyongKim 2006-07-11 16:40:00
