EsterTM는 당사에서 개발한 EST분석을 위한 시스템으로써, EST 크로마토그램으로부터, Preprocessing, Clustring, Assembly, Annotation을 단계적으로 수행하며, 결과를 데이터베이스화합니다.
Features
- 프로젝트 기반의 데이터관리
- 복수개의 프로젝트들을 섞어서 클러스터링을 수행 할 수 있다.
- 웹환경에서 장시간 프로세스(Phrap, BLAST등)의 쉬운 관리 및 결과의 데이터베이스화
- TIGR / STACK / Only CAP3 등의 다양한 clustering 전략을 이용이 가능하다.
- 대용량 EST sequence 분석 기능
- Alternative splicing 예측 기능
- SNP detection 기능
- 분석결과를 이해하기 쉬운 형태의 웹 인터페이스 viewer 제공
- NCBI dbEST 데이터베이스 등록대행 서비스 가능
- Genomic sequence vs Consensus sequence mapping 결과 제공
- 사용자가 원하는 customizing 가능
Applications
일반적인 EST 분석전략
- Pre-processing
- Base calling
- Vector Masking
- Repeat Masking
- Low complexity masking
- Contaminants remove
- Clustering
- Assembly
- BlastX
Ester를 이용한 분석전략(StackPack/TIGR Gene Index 분석전략 활용)
- Pre-processing
- Clustering by d2-cluster or TGICL
- Assembly by CRAW or CAP3
- Consensus sequence
- BlastN(Unigene or TC)
- BlastX(Uniprot)
- BlastN(NR)
- Function categorization(Gene Ontology database)
System requirement
- 하드웨어 사양
- 1GB RAM, 100GB HDD 이상 IBM PC 호환 기종
- 운영 체계
- Linux
- AIX
