Overview
CLC Protein Workbench는 생물정보학적 분석, 유연한 데이타 관리, 뛰어난 그래픽 viewing, 출력 옵션들을 사용자가 쉽게 사용할 수 있게 만든 소프트웨어입니다. CLC Gene Workbench의 장점은 Assembly of DNA sequence data, Editor for graphically and algorithmically advanced primer design 등 통합된 연구 툴들의 쉽게 사용할 수 있고, 수행 또한 쉽게 할 수 있으며, 문서화도 가능하다는 것입니다.
주요기능
- Protein Workbench 의 생물정보학적 기능
- 3차구조 조회프로그램 포함.
- 막통과 단백질의 막통과부분 예측
- Antigenicity
- 단백질의 2차구조 예측
- PFAM domain 검색
- Web-based prediction of signal peptides and their cleavage sites (SignalP - the best tool available)
- 웹기반의 signal peptides 분석과 분리위치 예측(SignalP - the best tool available)
- Hydrophobicity 분석과 그래프정보
- Protein 극성분석과 그래프정보
- 단배질에서 DNA로의 역변역 (다양한 번역테이블 포함)
- DNA, RNA와 protein 의 역 전사
- 단백질 사슬이 끊어지는 곳 발견
- 단백질 관련정보 리포팅(각 리포트마다 하나나 그이상의 단백질 포함)
- 하나의 문서에 여러분석을 포함하는 포괄적인 리포트
- 패턴검색
- Search for sequence matches
- 기본적인 패턴에 대한 Motif search
- 정규식을 이용한 Motif search
ProSite patterns을 통한 Motif search
- 아직 알려지지 않은 패턴 발견.
- 데이터베이스 검색
- 프로젝트와 데이터 관리
- Full integration of data input, data management, calculation results, and data export
- 상세한 히스토리 정보
- 모든 종류의 파일이 연구자의 컴퓨터에 저장되며, 프로그램에 의해서 읽혀질 수 있음.
- 다양한 파일포맷을 통한 데이터 입력과 출력
- 여러 워크스페이스를 한번에 운용할 수 있으며, 이를통해서 병렬적인 구성이 가능함.
- 기타 다른 생물정보학적 기능
- 선형이나 원형의 DNA, RNA and protein 서열정보편집
- 여러서열을 하나로 합침
- 여러 다중서열을 하나로 합침
- DNA, RNA 그리고 protein의 다중서열
- Interactive logo graphs along both DNA, RNA and Protein alignments
- 한번의 배치프로세스를 통해서 여러 서열에 대해 같은 작업을 수행
- 향상된 재정렬 기능과 fix-point alignment 옵션
- 서열에 대해서 수동으로 주석추가
- Dot plot 기반 분석
- Local complexity region 분석과 복잡도 그래프
- Gap fraction 그림
- G/C content 분석 및 그래픽표시
필요한 시스템 사양
- Mac OS X 10.3 or later (including Intel-based Macs)
- Windows 2000 or Windows XP
- Linux: Redhat or SuSE
- 256 MB RAM required
- 512 MB RAM recommended
- 1024 x 768 display recommended
