CLC Protein Workbench - Insilicogen, Inc.

CLC_Protein_Workbench^TM Ver.3은 생물정보학적 분석, 유연한 데이타 관리, 뛰어난 그래픽 viewing, 출력 옵션들을 사용자가 쉽게 사용할 수 있게 만든 소프트웨어입니다. CLC Protein Workbench는 Assembly of DNA sequence data, Editor for graphically and algorithmically advanced primer design 등의 통합된 연구 툴들의 쉽게 사용할 수 있습니다.

Features

다양한 분석 도구를 이용하여 쉽고 정확한 분석기능을 제공합니다.
- Protein의 구조예측과 각종 기능 예측 (Transmembrane, Domain, Motif Search, etc.)
Bioinformatics Cell, Cube와 연동하여 분석속도 향상
CLC Database Solution의 도입으로 사용자간의 데이터 공유

Applications

Protein Workbench 의 생물정보학적 기능
1. 3차구조 조회프로그램 포함.
2. 막통과 단백질의 막통과부분 예측
3. Antigenicity
4. 단백질의 2차구조 예측
5. PFAM domain 검색
6. Web-based prediction of signal peptides and their cleavage sites (SignalP - the best tool available)
7. 웹기반의 signal peptides 분석과 분리위치 예측(SignalP - the best tool available)
8. Hydrophobicity 분석과 그래프정보
9. Protein 극성분석과 그래프정보
10. 단배질에서 DNA로의 역변역 (다양한 번역테이블 포함)
11. DNA, RNA와 protein 의 역 전사
12. 단백질 사슬이 끊어지는 곳 발견
13. 단백질 관련정보 리포팅(각 리포트마다 하나나 그이상의 단백질 포함)
14. 하나의 문서에 여러분석을 포함하는 포괄적인 리포트
패턴검색
1. Search for sequence matches
2. 기본적인 패턴에 대한 Motif search
3. 정규식을 이용한 Motif search
4. ProSite patterns을 통한 Motif search
5. 아직 알려지지 않은 패턴 발견.
데이터베이스 검색
1. 웹기반 BLAST를 이용한 서열 검색
2. 연구자가 만든 데이터베이스에 대한 BLAST검색
3. Local BLAST 데이터베이스 생성
4. GenBank Entrez 검색
5. UniProt 검색(SwissProt/TrEMBL)
6. PubMed 검색
7. Web based lookup in UniProt, NCBI, and Google
프로젝트와 데이터 관리
1. Full integration of data input, data management, calculation results, and data export
2. 상세한 히스토리 정보
3. 모든 종류의 파일이 연구자의 컴퓨터에 저장되며, 프로그램에 의해서 읽혀질 수 있음.
4. 다양한 파일포맷을 통한 데이터 입력과 출력
5. 여러 워크스페이스를 한번에 운용할 수 있으며, 이를통해서 병렬적인 구성이 가능함.
기타 다른 생물정보학적 기능
1. 선형이나 원형의 DNA, RNA and protein 서열정보편집
2. 여러서열을 하나로 합침
3. 여러 다중서열을 하나로 합침
4. DNA, RNA 그리고 protein의 다중서열
5. Interactive logo graphs along both DNA, RNA and Protein alignments
6. 한번의 배치프로세스를 통해서 여러 서열에 대해 같은 작업을 수행
7. 향상된 재정렬 기능과 fix-point alignment 옵션
8. 서열에 대해서 수동으로 주석추가
9. Dot plot 기반 분석
10. Local complexity region 분석과 복잡도 그래프
11. Gap fraction 그림
12. G/C content 분석 및 그래픽표시

	원자단위의 3차구조 및 Protein정보를 보여주는 기능 * 키보드나 마우스를 이용한 삼차구조의 회전,이동,확대축소 기능
	Protein의 BLAST 결과 내 3차구조 정보를 보여주는 기능 * Protein의 BLAST 결과와 3차구조연동을 통한 기능예측
	Signal Peptide구조와 Cleavage Site 예측 * Signal Peptide 및 Cleavage site의 예측을 통한 Protein 기능 규명
	Trnasmembrane Helix 및 이차구조 예측 * TMHMM Method를 이용하여 Transmembrane Helices 예측
	각종 Protein의 물리화학적인 특성을 그래픽화 * Hydrophobicity, Antigenecity등의 Protein의 물리,화학적인 특성제시

필요한 시스템 사양

하드웨어 사양
- PentiumII 512MB RAM, 1GB HDD 이상 IBM PC 호환 기종
- 또는 동급의 맥킨토쉬
운영 체계
- Microsoft Windows 98, NT, 2000, XP or Vista
- Mac OSX V.10.2.6 이상

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