CLC Main Workbench Ver 6는 CLC bio사에서 제공하는 분자생물학 데이터 분석 및 관리를 위한 생물정보 분석 소프트웨어 입니다. 사용자들에게 DNA, RNA, Protein 및 유전자 발현 등의 최신 분석기법과 효과적인 데이터 관리, 최적화된 그래픽을 제공합니다. 또한 DNA assembly, primer 디자인, SNP 분석, RNA 2차 구조 분석, Multiple alignment, 디지털 유전자 발현분석 등 생물 정보 분석을 통합한 툴로 편리하게 사용할 수 있으며, Plug-In 모듈 등을 제공함으로써 최상의 맞춤형 분석이 가능합니다.
Main Features
- 아래의 각 링크를 클릭하시면 CLC Main Workbench에 대한 주요 특성들을 보실 수 있습니다.
Editor for graphically and algorithmically advanced primer design
All actions performed are logged automatically for later review or printing
상세 정보 링크 : CLC Main Workbench의 각 기능에 대한 보다 상세한 정보를 보실 수 있습니다.
Screenshot
- Primer design, BLAST search, Dotplot, UniProt search, 3D structure viewer, Multiple sequence alignments 기능에 대한 상세한 Screenshot을 보실 수 있습니다.
Case Studies
- CLC Workbench를 이용한 실제 연구 사례입니다.
Sequencing-based genetic testing for rare diseases : Published 11 March 2008
Genetic characterization of highly pathogenic H5N1 avian influenza viruses : Published 10 October 2007
SNP analysis in diabetes research : Published 3 April 2007
Screening the carrot genome for MADS-box genes : Published 8 February 2007
Detection of genomic changes in M. Tuberculosis : Published 9 January 2007
Bioinformatics in environmental metagenomics : Published 5 December 2006
Malaria vaccine research : Published 4 October 2006
Bioinformatics in microbial research : Published 9 September 2006
Applications
- CLC Main Workbench는 'CLC DNA Workbench', 'CLC RNA Workbench', 'CLC Protein Workbench' 에서 분석이 가능하였던 모든 툴을 통합한 소프트웨어이며, 아래와 같은 분석에 적용하실 수 있습니다.
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* 그래픽과 알고리즘을 통한 Primer design * DNA 서열 Assembly * 제한효소 분석 및 클로닝 * SNP 분석 및 자동적인 annotation 표시 * Translation, Reverse translation 기능 * Local complexity region 분석 * NCBI sequence data 검색 기능  |
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*RNA 서열 이차 구조 예측 * 이차 구조의 그래픽 viewer 기능 및 편집 * RNA 레벨에서의 통합적인 분석 * RNA pattern 검색 * RNA 구조와 각 종 분석 내용 Table Report |
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* Multiple Alignment 분석 * Phylogenetic tree * Protein 3차 구조 3D viewer * Transmembrane helix 예측 * Protein 2차 구조 예측 * PFAM domain 검색 * Signal peptide와 Cleavage site 예측 * Hydrophobicity, Protein charge 분석 |
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* Microarray와 Sequencing(RNA-seq) 발현 데이터 분석 * Heat map, Scatter plot view * Transformation과 normalization 분석 툴 * MA-와 boxplot으로 구성된 Quality control 툴 * 반복 실험을 위한 T-test와 ANOVA 분석 지원 * Bonferroni 또는 FDR을 이용한 정확한 p-value * Hierarchical clustering 분석 |
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* Sequence match를 위한 검색 * 기본적인 pattern을 위한 Motif 검색 * 발현 조절을 이용한 Motif 검색 * ProSite pattern Motif 검색 * 알려지지 않은 pattern의 발굴 |
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* Web 기반을 이용한 BLAST 검색 * 로컬 데이터베이스 제작 및 BLAST 기능 * GenBank Entrez 검색 * UniProt 검색 (SwissProt/TrEMBL) * PubMed 검색 * BLAST를 이용한 SNP annotation |
DNA 서열 분석
System Requirement
- Windows 2000, Windows XP 또는 Windows Vista
- Mac OS X 10.4 또는 이상
- Linux : Redhat 또는 SuSE
- 32 bit 또는 64 bit
- 512MB RAM 이상
- 1024 x 768 디스플레이
Download
- 실행파일
License
- CLC Main Workbench를 구매하시고자 하는 분은 상단의 '견적의뢰'를 작성하시거나 직접 저희에게 연락을 주시면 구매절차에 대해서 말씀드리겠습니다.
연락처 : 031)278-0061, codes@insilicogen.com
무료로 일정기간 사용하시고자 하는 분은 Trial Download 페이지에 접속하셔서 관련 정보를 기입하신 후 다운로드 받아 사용하실 수 있습니다.
