Contents

  1. Main Features
  2. Next Generation Sequencing Solutions
  3. Benchmark tests
  4. More Features
  5. Application Note
  6. System Requirement
  7. Download
  8. License

CLC Genomics Workbench Ver. 4은 최근 Next Generation Sequencing 기술의 발달로 기존보다 수십 배, 수백 배 많이 생산되고 있는 NGS 데이터를 분석할 수 있는 데스크탑용 소프트웨어입니다. 기존의 sequencing 데이터 뿐만 아니라 다양한 NGS 포맷(454, Solexa, SOLiD, Helicos data)의 분석을 지원하며, SIMD 기술의 적용으로 막대한 양의 NGS 시퀀싱 데이터를 고속으로 분석하여 연구자에게 최상의 분석결과를 제시합니다. 또한 RNA-seq, ChIP-seq 분석 툴이 추가되어 Genomics, Transcriptomics, Epigenomics 분야까지도 응용 가능합니다. 그 밖에 Main Workbench(DNA, RNA, Protein 통합 분석 툴)의 기능을 모두 포함하고, Plug-In 모듈 등을 제공함으로써 다양한 생물 정보 분석을 편리하게 수행할 수 있습니다.



Main Features

{i} Genomics

Sanger, 454, Solexa, SOLiD, Helicos
* De novo / Reference assembly 수행
* 다른 데이터 포맷의 reference assembly 수행
* Standard read, paired-end read, mate pair read 지원
* Large scale Genome의 assembly 수행
* EST 및 cDNA 서열 assembly 수행
* Large scale의 mutation과 rearrangement 그래픽 툴
* 향상된 SNP 검출 및 보고서 제공
* DIP 검출 및 보고서 제공


/wiki/CLC_Genomics_Workbench?action=AttachFile&do=get&target=Genomics_main.png

{i} Transcriptomics

* mRNA sequencing 데이터의 유전자 발현 calculation
* 일반적인 RNA-seq 분석 (Gene expression profile)
* 새로운 transcript와 exon 검색 및 mapping
* Expression array와 RNA-seq 결과 함께 분석 작업
* Microarray 분석 지원
* Heat map, table, scatter plot view를 통한 시각화
* Transformation과 normalization 툴
* MA-와 boxplots으로 구성된 분석 Quality control 툴
* Clustering 알고리즘 지원
- Hierarchical clustering, K-mean과 PAM


/wiki/CLC_Genomics_Workbench?action=AttachFile&do=get&target=mRNA.png

{i} Epigenomics

* Chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) 분석
* Peak finding과 peak refinement
* Peak table과 annotation


/wiki/CLC_Genomics_Workbench?action=AttachFile&do=get&target=chipseq.jpg


/wiki/CLC_Genomics_Workbench?action=AttachFile&do=get&target=GWB_1.jpg

Next Generation Sequencing Solutions

(!) CLC Genomics Workbench

  • SOLiD(Applied Biosystems), 454 GS-FLX(Roche Applied Science), Genome Analyzer(Illumina), HeliScope(Helicos) 등의 NGS 멀티 플랫폼을 분석할 수 있습니다.

  • 데스크탑에서 대량의 NGS 시퀀싱 데이터를 고속으로 분석하여 시각화함으로써 최상의 분석결과를 제시합니다..

(!) CLC Assembly Cell

  • NGS 시퀀싱 데이터의 10~20배 이상의 고속 assembly 분석을 위한 High-performance computing 솔루션입니다.
  • SIMD 기술을 이용하여 굉장히 빠르고 정확한 assembly 알고리즘을 구현하며, 모든 genome size에 대하여 assemble이 가능합니다.

/wiki/CLC_Genomics_Workbench?action=AttachFile&do=get&target=GWB_2.jpg (!) CLC Genomics Server

  • 사용자 편리성, 안전성 등의 장점을 가진 Bioinformatics computing Server로서, 3계층(Server, Client, Data Backend)의 시스템 구조로 디자인된 Enterprise 솔루션입니다.
  • Database, Client와의 원활한 커뮤니케이션으로 분석 데이터의 공유와 통합이 가능하여 파워풀한 생물정보학 분석을 할 수 있습니다.

(!) CLC Bioinformatics Database

  • CLC Workbench 프로그램과 통합된 중심 데이터베이스로서 생물정보관련 데이터들의 공유와 정보 저장 기능을 가진 솔루션입니다.
  • NGS와 같은 많은 데이터들의 체계적인 관리에 유용합니다.


Benchmark tests

  • SIMD high-performance computing 기술을 바탕으로 고성능의 컴퓨터에서 분석을 진행하였을 때, 아래와 같이 짧은 시간 내에 결과를 얻을 수 있습니다.

A few benchmarks - E.coli

Time

454: Read mapping and visualization of 439,000 reads to E. coli (5 mega bases) on a 1,500 USD 2GB dual core, 2.13 GHz, 32 bit laptop computer

2 minutes

Illumina Genome Analyzer: Read mapping and visualization of 2 x 2.7 = 5.4 million paired end reads (1 lane) to E. coli (5 Mega bases) on a 32GB, 8 core, 2.5 GHz, 64 bit desktop computer

3 minutes

A few benchmarks - Human

Time

Illumina Genome Analyzer: Read mapping and visualization of 2 x 43 million = 86 million paired end reads to Human (3 Giga bases) on a 32GB, 8 core, 2.5 GHz, 64 bit desktop computer (ungapped alignment)

4 hours

Illumina Genome Analyzer: Reference assembly and visualization of 2 x 43 million = 86 million paired end reads to Human (3 Giga bases) on a 32GB, 8 core, 2.5 GHz, 64 bit desktop computer (gapped alignment)

7 hours


More Features

  • CLC Genomics Workbench는 NGS 데이터 분석기능 외에도 CLC Main Workbench의 모든 기능을 포함하고 있습니다.

  • 다음을 클릭하시면 아래 기능에 대한 자세한 내용을 보실 수 있습니다. CLC Main Workbench

{i} Assembly

assembly_1.jpg

{i} Primer design

Primer_design.jpg

{i} Molecular cloning

cloning.jpg

{i} SNP detection

SNP_1.jpg

{i} Multiple alignment

Multiple_alignment.jpg

{i} Digital gene expression

expression.jpg

{i} RNA structure prediction

RNA_structure.jpg

{i} Pattern search

pattern search.jpg

{i} Blast search

blast.jpg


Application Note


System Requirement

  • Intel or AMD CPU required
  • 64 bit computer and operating system recommended for more than 2 GB RAM
  • Small data sets:
    • Assembly and analysis of genomes up to 50 mega-bases and up to 10 mio reads
      • 2 GB RAM required
      • 4 GB RAM recommended
  • Medium data sets:
    • Assembly and analysis of larger genomes (only reference assembly supported) and up to 100 mio reads
      • 4 GB RAM required
      • 8 GB RAM recommended
  • Large data sets:
    • Assembly and analysis of larger genomes (only reference assembly supported) and more than 100 mio reads
      • 8 GB RAM required
      • 16 GB RAM recommended


Download


License

  • CLC Genomics Workbench를 구매하시고자 하는 분은 상단의 '견적의뢰'를 작성하시거나 직접 저희에게 연락을 주시면 구매절차에 대해서 말씀드리겠습니다.

  • 무료로 일정기간 사용하시고자 하는 분은 Trial Download 페이지에 접속하셔서 관련 정보를 기입하신 후 다운로드 받아 사용하실 수 있습니다.

CategoryProduct

CLC Genomics Workbench (last edited 2012-01-25 17:09:59 by KyungyunKim)










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