CLC_DNA_WorkbenchTM Ver.3은 생물정보학적 분석, 유연한 데이타 관리, 뛰어난 그래픽 viewing, 출력 옵션들을 사용자가 쉽게 사용할 수 있게 만든 소프트웨어입니다. CLC DNA Workbench의 장점은 Assembly of DNA sequence data, Editor for graphically and algorithmically advanced primer design 등 통합된 연구 툴들의 쉽게 사용할 수 있고, 수행 또한 쉽게 할 수 있습니다.
Features
- 다양한 분석 도구를 이용하여 쉽고 정확한 분석기능을 제공합니다.
- Nucleotide 레벨의 각종분석 제공
- Bioinformatics Cell, Cube와 연동하여 분석속도 향상
- CLC Database Solution의 도입으로 사용자간의 데이터 공유
Applications
- DNA Workbench의 생물정보학적 기능
- 그래픽적으로 표현되는 우수한 알고리즘을 이용하는 primer 디자인
- DNA 서열정보 Assemble
- 클로닝 지원
- 서열정보에 대한 자동 SNP 정보 추가기능
- Local complexity 부분 분석
- 여러종류의 번역정보(Translation table)을 통한 Protein에서 DNA서열로 역번역(Reverse translation)
- 향상된 기능의 제한효소분석기능및 결과정보 관리
- Dot plot기반의 분석
- DNA 관련 각종 통계정보 리포트 기능
- NCBI 서열정보 검색
PubMed에 기재된 웹정보 접근
- Pattern 검색
- Search for sequence matches
- 기본적인 서열패턴에 대한 Motif 검색
- 정규식을 통한 Motif 검색
ProSite 패턴을 통한 Motif search
- Pattern 복구
- 데이터베이스 검색
- 프로젝트와 데이터 관리
- 데이터 입력,관리,결과 분석 및 데이터 출력등에 관한 모든 기능이 통합됨. 결과적으로 여러 프로그램과 웹사이트를 돌아다니면서 데이터를 옮겨야 하는 번거로움이 사라지고 효율성이 증대됨.
- 프로젝트 내의 모든종류의 파일이 저장되며 프로그램을 통해 열고 작업할 수 있음.
- 자세한 히스토리 정보
- 사용자가 원하는 다양한 형식의 그림으로 출력 가능
- 다양한 데이터 파일 형식으로 불러들이거나 추출해 낼 수 있음.
- 기타 생물정보학적인 기능
- DNA, RNA and protein 서열정보 수정 및 표기(직선 혹은 원형의 서열정보)
- 여러서열을 하나로 합침
- 여러 다중서열정열을 하나로 합침
- DNA, RNA, and protein 다중서열정열 수정
- Interactive logo graphs along both DNA, RNA and Protein의 다중서열정렬
- 한번의 배치프로세스를 통해서 여러 서열에 대해 같은 작업을 수행
- 향상된 정렬기능과 and fix-point alignment 옵션
- 서열에 대한 정보추가(Manual annotation )
- Local complexity region 분석과 복잡도 그래프
- Gap fraction 그림
- G/C content 분석과 그림을통한 결과 보고
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* Contig Sequence와 Chromatogram을 동시에 보며 Editing하는 기능 {isg} |
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* BLAST를 이용한 웹기반의 서열검색 {isg} |
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* 5가지의 알고리즘을 이용한 서열 정렬 기능 {isg} |
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* 다양한 옵션을 활용하여 Primer 제작 {isg} |
System Requirement
- 하드웨어 사양
- PentiumII 512MB RAM, 1GB HDD 이상 IBM PC 호환 기종
- 또는 동급의 맥킨토쉬
- 운영 체계
- Microsoft Windows 98, NT, 2000, XP or Vista
- Mac OSX V.10.2.6 이상
