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Overview
CLC Combined Workbench는 CLC Free Workbench, CLC Protein Workbench, CLC Gene Workbench 특징들을 모두 포함한 소프트웨어입니다. CLC Combined Workbench는 유저에게 많은 양의 진보된 protein sequence 분석과 부드러운 데이터 관리와 함께, 시각적으로 훌륭한 그래픽과 출력옵션을 가지고 있습니다.
Features
CLC Free Workbench
- DNA, RNA Protein(two algorithms)의 다중 정렬
- Consensus sequence 결정과 관리
- 정렬에 따른 Conservation score
- ORF(Open Reading Frame) 예측
웹을 이용하여 손쉽게 GenBank에 접속 가능하며 Protein and Nucleotide 정보검색 가능
- Translation 기능(all genetic translation table)
- 단백질에서의 residue composition, molecular weight, iso electric point 분석
- Neighbor-joining and UPGMA phylogenies
- Restriction site 분석과 보기
- Reverse complement 만들기
- CLC bio의 상업용 workbench로부터 만들어진 bioinformatics analyses의 조작 가능 옵션
CLC Gene Workbench
- 그래픽과 알고리즘을 통한 진보된 primer design 에디터
- DNA sequence data의 assembly
- Molecular cloning
- SNP 주석달기 자동화
- Low complexity region 분석
- 수많은 종들의 genetic table 을 이용하여 단백질로부터 유전자로의 역번역
- 제한 효소 분석과 관리
- Dot plot 기반의 분석
- 주어진 분자의 수많은 특징을 포함한 DNA 통계 리포트
- NCBI sequence data 검색
PubMed로 접속가능
Flexible viewing of circular molecules.
CLC Protein Workbench
- 통합된 3D 뷰어
- Transmembrane helix prediction
- identify antigenic regions in protein sequences
- 단백질 이차 구조 예측
- PFAM domain search
- 웹 기반으로 signal peptides와 그것들의 cleavage sites의 예측(SignalP – 현존하는 가장 좋은 툴)
- Hydrophobicity의 분석과 그래프 제공
- Protein charge의 분석과 그래프 제공
- 단백질에서 유전자로의 역번역 (많은 번역 테이블 제공)
- DNA 와 RNA 그리고 protein 간의 상호작용
- respect to cleavage by a selection of proteolytic enzymes
- Protein 통계 리포트
- reports including a number of different kinds of information regarding a given protein
Alpha-helices and beta-sheets shown as annotations on the sequence.
Pattern search
- Sequence matches 검색
- 기본적인 형태의 Motif 검색
- regular expressions을 이용한 Motif 검색
ProSite patterns에서의 Motif 검색
- Pattern 발견 (알려지지 않은 patterns에서)
Database searches
- BLAST를 이용한 웹 기반의 서열 검색
- local database의 BLAST
- local BLAST database 만들기
GenBank Entrez 검색
PubMed 검색
UniProt, NCBI, Google을 통한 웹 기반 검색
Project and data management
- Data input, data management, calculation results, data export의 통합
- 자세한 History 로그
- 모든 타입의 파일 local project 내에 저장가능, 프로그램으로부터 런치 가능
- 많은 양의 파일 포맷 데이타의 Import 와 Export 지원
- 보다 더 active한 작업을 위한 옵션 제공, 동시에 다중 프로젝트 작업 가능
Other bioinformatics features
- DNA, RNA, protein sequence Editor의 선과 원 모양 분자 표현 모두 지원
- 다중 서열을 하나로 결합
- 다중 정열을 하나로 결합
- DNA, RNA, protein alignment Editor
- DNA, RNA, protein alignments에 따라 상호작용하는 logo graph
- 하나의 work-step 에서 다중 서열 분석의 일괄처리
- 진보된 재정렬과 fix-point 정렬 옵션
- 서열들의 Manual annotation
- Dot plot 기반의 분석
- Local complexity region 과 complexity plots 의 분석
- Gap fraction 그래프
- G/C content 분석과 그래프
System Requirement
- Mac OS X 10.3 or later (including Intel-based Macs)
- Windows 2000 or Windows XP
- Linux: Redhat or SuSE
- 256 MB RAM required
- 512 MB RAM recommended
- 1024 x 768 display recommended
