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CLC Bioinformatics CellTM은 CLCbio사에서 제공하는 HPC(High-Performance Computing)기법의 하드웨어 장치로써 ClustalW, Smith-Waterman, HMMER, BLAST등의 Search 속도를 획기적으로 증가시킬 수 있는 제품입니다.
Features
- Smith-Waterman sequence search : DNA,Protein 서열의 상동성 검색을 위한 알고리즘으로 BLAST보다 정확성이 높으며 기존 Smith-Waterman Search 보다 최대 110배정도의 분석속도를 향상.
ClustalW sequence Alignment : Primer, ProbeDesign, 서열정렬(Alignment)등의 분석등에 사용되는 알고리즘으로 5배정도의 분석속도 향상.
- HMMER : Hidden Markov Model을 이용하여 Protein의 기능 분석을 위한 Domain을 찾는 프로그램으로 30배정도의 분석속도 향상.
- Integrated Solution : CLC에서 판매하는 Sequence 분석 소프트웨어(CLC Workbench)와의 연동으로 분석 속도와 정확성, 편리성을 크게 향상.
Software |
Cell1 |
Cell2 |
Cell3 |
Cell4 |
Cluster |
|
HMMER |
0.01 |
0.35 |
1.10 |
2.33 |
0.82 |
. |
Smith-Waterman |
0.05 |
3.0 |
13.0 |
44.5 |
8.86 |
10+ |
ClustalW |
100% |
482% |
1386% |
3032% |
1126% |
1000%+ |
Need for cooling |
Low |
Low |
Low |
Low |
Low |
High |
Power consumption |
Medium |
Medium |
Medium |
Medium |
Medium |
High |
Applications
- HPC(High Performance Computing) : 초고속, 대용량 수치연산을 위한 최적의 리눅스 클러스터로서 과학기술 수치연산용 클러스터 시스템으로서는 확장성 및 사용자 편의성을 최대한 보장하도록 개발되었습니다. 가격대 성능비 최대를 보장하는 HPC클러스터 시스템으로 과학기술의 경쟁력을 한층 높일 수 있습니다.
- SIMD 방식을 통한 smith Waterman searches속도 향상.
- SIMD : 단일 명령 복수 데이터 방식
- 연산 장치를 복수 개 갖고, 단일 명령으로 서로 다른 복수의 데이터에 대한 연산을 동시에 실행시키는 컴퓨터 제어 방식.
- 하나의 명령어로 여러개의 자료를 동시에 처리
- MMX 기술을 이용 64비트의 자료 버퍼를 이용해서 8비트 단위의 자료를 한번에 8개 처리
MMX : MultiMedia eXtension
- SIMD : 단일 명령 복수 데이터 방식
- 가속률은 CPU의 배열과 속도에 영향
2.17 GHz IntelCoreProcessor는 Smith-Waterman을 동작하는데 110배까지 속도를 낼 수 있습니다.
- 3 GHz Pentium 4 processor는 65배까지 속도를 낼 수 있습니다.
3 Cases : http://www.clccell.com/cases.php
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* CPU사양 및 숫자에 따라 달라지는 분석 속도  |
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* CPU사양 및 숫자에 따라 달라지는 분석 속도 |
하드웨어사양에 따른 HMMER 분석속도
System Requirement
- 하드웨어 사양
- 사용자의 하드웨어 사양에 맞춰 CLC Bioinformatic Cell 적용.
- 운영 체계
- Microsoft Windows 98, NT, 2000, XP or Vista
- Mac OSX V.10.2.6 이상
