BioXM™ Knowledge Management Environment
Knowledge Management Environment. Biomax의 지식관리 프로그램
개요
Knowledge management and semantic data integration, research collaboration, information publishing and project management
High-throughput 실험방법들에 의해 대량으로 생성되는 정보들은 매일같이 새로운 논문들을 만들어 낸다. biological system의 과정들은 서로 다양한 레벨에서 상호 연결되어 있으며, 그 조절 메카니즘들은 세세하게 이해되어야 한다. BioXM은 지식관리시스템으로, 프로젝트 중심의 분산 플랫폼으로 연구환경에서의 커뮤니케이션과 공동연구를 용이하게 한다.
본 시스템 도입의 장점
- Support decision-making processes by maintaining a corporate warehouse of structured, interrelated information. : 잘 구조화되고 상호 연계된 정보 체계를 구축, 유지함으로써 의사결정과정을 지원한다.
- Capture your organization's existing knowledge and public information to "get the big picture". : 조직에 존재하는 지식을 잘 잡아낼 수 있다. 이른바 큰 그림을 얻을 수 있다.
- Conceptualize your area of research, distrubute news and share your information with others. : 연구분야를 개념화하고, 다른이들과 공유할 수 있다.
- Overcome geographic separation and functional compartmentalization in your organization. : 지역적 한계를 극복할 수 있다.
Support all stages of long-term R&D projects and promote collaboration among researchers. : 장기 R&D 프로젝트의 모든 단계를 지원하며, 연구자들 사이의 협력을 촉진한다.
주요 특징들
Knowledge management and semantic data integration : 지식관리와 의미론적 데이터통합
- 연구분야는 주로, 관련있는 요소(element)들의 네트워크로 의미론적으로 모델화된다.
- 사용자는 각기 다른 요소들, 혹은 관계를 정의할 수 있다.
element --> relationship --> context --> biological network
- 사용자의 실험데이터 역시 본 시스템에 객체로서 통합된다.
Research collaboration, information publishing and project management : 공동연구와 정보출판, 프로젝트 관리
- 프로젝트 기반의, 개별화된 작업환경을 제공한다. 이것은 과학자들로 하여금 작업모델을 설계하고, 논문출판전 정보를 전처리할 수 있도록 해 준다.
- semantic objects(element, relation, context)들은 각기 주석화될 수 있다.
- form-base approach 에 의해 관련정보들을 모델화 한다. 폼의 계층적구조는 복잡한 데이터모델을 가능하게 한다.
Enterprise technology - a modular, scalable architecture : 기업형 구조 - 모듈화및 스케일업 가능 구조
- 클라이언트-서버 기반의 엔터프라이즈 시스템이다. 클라이언트는 친숙하며 편리한 자바 스윙 GUI로 구현되어 있다.
- 클라이언트는 drag-and-drop, copy-and-paste, printing and file access등의 대화형기능들을 제공한다.
서버는 모듈화된 아키텍쳐로 구현되어있으며, 확장성과 유지보수성이 용이하다. BioRS 및 관련 데이터베이스와 연동이 가능하다.
스크린샷
특정 지식은 서브 네트워크(노드, 객체)의 다양한 관계로 부터 얻어진다. genes, proteins, metabolites, patients, diseases, reactants 등의 다양한 객체들이 있을 수 있고, 이들을 특정 관점에서 서로 관계를 맺는 다이어그램을 생성한다.
예) From Narod, SA and Foulkes, WD (2004) BRCA1 and BRCA2 : 1994 and beyond. Nature Reviews Cancer 4, 665-676
BioXM의 정보관리 개념
- 정의된 도메인영역(예, 질병분야)는 요소(element)들의 네트워크로 모델화된다.
- 요소들과 관계(relation)들은 분류된다. (gene과 protein 요소는 gene regulation이란 개념에서 연결된다.)
- 사용자에 의해 요소와 관계들의 형식이 정의된다.
- 지식을 모델링하는데 context가 사용된다. 이것은 개념적인 요소(semantic element)이다.
- 추가적인 meta-information이 semantic object에 추가될 수 있다.
- 객체에 annotation이 제공된다.
- form based approach 를 통해 관련된 정보들을 모델화 한다.
- 다른 form의 조합으로 복잡한 데이터를 모델할 수 있다.
- object들은 annotation을 공유한다. 이것은 object들의 relation을 암시한다.
- 이러한 ontology의 사용으로 전체 문제영역이 개념화된다.
- controlled vocabularies (such as value lists, thesaur, ontologies) are supported.
- 실험데이터가 지식관리에 객체로서 포함된다.
BioRS와 연동되어, 개념이 확장된다.
바이오프로세스의 모델링
Annotation 화면예제
기술사항
중앙서버(BioXM server)와 그외 데이터베이스(BioRS)등이 CORBA로 연결되고, 사용자는 Java Swing GUI 클라이언트 프로그램으로 중앙서버에 접속하고, drag and drop 등의 쉬운 인터페이스를 이용하여 사용한다.
